Archive Ensembl HomeArchive Ensembl Home
Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign Member List
This is the complete list of members for Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign, including all inherited members.
_add_cigar_line_to_Mapper()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
_cigar_element()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
_count_cigar_elements()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
_get_aligned_sequence_from_original_sequence_and_cigar_line()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
_get_cigar_line_from_aligned_sequence()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
_get_fake_aligned_sequence_from_cigar_line()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
_get_Mapper_from_cigar_line()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
_get_sub_cigar_line()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
_get_sub_cigar_line_slow()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
_print()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
adaptor()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
aligned_sequence()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
cigar_line()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
copy()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
dbID()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
display_id()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
dnafrag()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
dnafrag_end()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
dnafrag_id()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
dnafrag_start()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
dnafrag_strand()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
genome_db()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
genomic_align_block()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
genomic_align_block_id()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
genomic_align_group()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
genomic_align_group_id()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
get_Mapper()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
get_MapperOLD()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
get_Slice()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
length()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
method_link_species_set()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
method_link_species_set_id()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
new()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
new_fast()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
node_id()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
original_sequence()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
restrict()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
reverse_complement()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign
visible()Bio::EnsEMBL::Compara::GenomicAlign