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Full Class List
Exhaustive list of all classes in the code
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::Alignment
Bio::EnsEMBL::Funcgen::HiveConfig::Alignment_conf
Bio::EnsEMBL::Funcgen::AnnotatedFeature
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::AnnotatedFeatureAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::AnnotateRegulatoryFeatures
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::Annotation
Bio::EnsEMBL::Funcgen::HiveConfig::Annotation_conf
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Array
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ArrayAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::ArrayChip
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ArrayChipAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::ArrayDesign
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::BaseAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::BaseExternalParser
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::BaseFeatureAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::BaseImporter
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::Bed
Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::BindingMatrixAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::biotiffin
Bio::EnsEMBL::Funcgen::CellType
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::CellTypeAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Channel
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ChannelAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::cisred
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::ClusterMotifs
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Collector
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::ConvergeReplicates
Bio::EnsEMBL::Funcgen::CoordSystem
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::CoordSystemAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DataSet
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::DataSetAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::DBAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::DBEntryAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::HiveConfig::Dnase_profile_conf
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Utils::EFGUtils
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Utils::Encode
Bio::Das::ProServer::SourceHydra::ensembl_funcgen
Bio::Das::ProServer::SourceAdaptor::Transport::ensembl_funcgen
Bio::Das::ProServer::SourceAdaptor::ensembl_funcgen_reads
Bio::Das::ProServer::SourceAdaptor::ensembl_funcgen_set
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Experiment
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ExperimentAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::ExperimentalChip
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ExperimentalChipAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::ExperimentalGroup
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ExperimentalGroupAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::ExperimentalSet
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ExperimentalSetAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::ExperimentalSubset
Bio::EnsEMBL::Funcgen::ExternalFeature
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ExternalFeatureAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::FeatureSet
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::FeatureSetAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::FeatureType
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::FeatureTypeAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::Funcgen
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::GFF
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Utils::HealthChecker
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Utils::Helper
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::Import
Bio::EnsEMBL::Funcgen::HiveConfig::Import_conf
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Importer
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::ImportMotifFeatures
Bio::EnsEMBL::Funcgen::HiveConfig::ImportMotifFeatures_conf
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::InferMotifs
Bio::EnsEMBL::Funcgen::InputSet
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::InputSet
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::InputSetAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::InputSubset
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::MAGE
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::MakeDnaseProfile
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::MetaCoordContainer
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::miranda
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::Motif
Bio::EnsEMBL::Funcgen::MotifFeature
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::MotifFeatureAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::HiveConfig::MotifFinder_conf
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::Nimblegen
Bio::EnsEMBL::Funcgen::HiveConfig::Peaks_conf
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Probe
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ProbeAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::ProbeFeature
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ProbeFeatureAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::ProbeSet
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ProbeSetAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::redfly
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RegulatoryFeature
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::RegulatoryFeatureAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::ResultFeature
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Collection::ResultFeature
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Collector::ResultFeature
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ResultFeatureAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::ResultSet
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::ResultSetAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::RunBWA
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::RunCCAT
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::RunCentipede
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::RunSWEmbl
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::Sanger
Bio::EnsEMBL::Funcgen::SegmentationFeature
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::SegmentationFeatureAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Set
Bio::EnsEMBL::Funcgen::SetFeature
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::SetFeatureAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::SetupAlignmentPipeline
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::SetupAnnotationPipeline
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::SetupMotifInference
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::SetupPeaksPipeline
Bio::EnsEMBL::Funcgen::DBSQL::SliceAdaptor
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Storable
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::SWEmbl
Bio::EnsEMBL::Funcgen::Parsers::vista
Bio::EnsEMBL::Funcgen::RunnableDB::WrapUpAlignment