Archive Ensembl HomeArchive Ensembl Home
Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon Member List
This is the complete list of members for Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon, including all inherited members.
_add_neighbor_link_to_hash()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
_add_nodeI_to_node()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
_distance()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
_internal_newick_format()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
_internal_newick_format_ryo()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
_internal_nhx_format()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
_internal_print_tree()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
_internal_string_tree()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
_invert_tree_above()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
_load_tags()Bio::EnsEMBL::Compara::Taggable
_parent_id()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
_recursive_get_all_leaves()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
_recursive_get_all_sorted_leaves()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
_root_id()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
_set_parent_link()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
_to_text_classification()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
_unlink_node_in_hash()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
_walk_graph_until()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
adaptor()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::CGObject
add_child()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
add_tag()Bio::EnsEMBL::Compara::Taggable
all_links_in_graph()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
all_nodes_in_graph()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
alloc()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::CGObject
AUTOLOAD()Bio::EnsEMBL::Compara::Taggable
binomial()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
build_leftright_indexing()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
cascade_unlink()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
children()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
classification()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
common_name()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
copy()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
copy_graph()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
copy_shallow_links()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
create_directed_link_to_node()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
create_link_to_node()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
dbID()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
dealloc()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
delete_lineage()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
delete_tag()Bio::EnsEMBL::Compara::Taggable
DESTROY()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::CGObject
disavow_parent()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
distance_to_ancestor()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
distance_to_node()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
distance_to_parent()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
distance_to_root()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
each_child()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
ensembl_alias()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
ensembl_alias_name()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
equals()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
extract_subtree_from_leaves()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
find_first_shared_ancestor()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
find_first_shared_ancestor_from_leaves()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
find_leaf_by_name()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
find_leaf_by_node_id()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
find_node_by_name()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
find_node_by_node_id()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
flatten_tree()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
genbank_hidden_flag()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
genus()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
get_all_adjacent_subtrees()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
get_all_ancestors()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
get_all_leaves()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
get_all_leaves_indexed()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
get_all_nodes()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
get_all_nodes_by_tag_value()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
get_all_sorted_leaves()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
get_all_subnodes()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
get_all_tags()Bio::EnsEMBL::Compara::Taggable
get_all_values_for_tag()Bio::EnsEMBL::Compara::Taggable
get_child_count()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
get_short_name()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
get_tagvalue()Bio::EnsEMBL::Compara::Taggable
get_tagvalue_hash()Bio::EnsEMBL::Compara::Taggable
get_TreeI()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
get_value_for_tag()Bio::EnsEMBL::Compara::Taggable
has_ancestor()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
has_child()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
has_neighbor()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
has_parent()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
has_tag()Bio::EnsEMBL::Compara::Taggable
init()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
is_leaf()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
is_member_of()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
is_subset_of()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
left_index()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
like()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
link_count()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
link_for_neighbor()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
links()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
load_children_if_needed()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
max_depth()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
max_distance()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
merge_children()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
merge_node_via_shared_ancestor()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
minimize_node()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
minimize_tree()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
name()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::CGObject
ncbi_taxid()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
neighbors()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
new()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::CGObject
new_from_newick()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
new_from_TreeI()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
newick_format()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
newick_simple_format()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
nhx_format()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
no_autoload_children()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
node_id()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
num_leaves()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
obj_id()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::CGObject
parent()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
parent_link()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
print_links()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
print_node()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
print_tree()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
rank()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
RAP_species_format()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
re_root()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
refcount()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::CGObject
release()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::CGObject
release_children()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
release_tree()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
remove_nodes()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
retain()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::CGObject
right_index()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
root()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
scale()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
scale_max_to()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
short_name()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
sorted_children()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
species()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
store()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::CGObject
store_tag()Bio::EnsEMBL::Compara::Taggable
string_node()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
string_tree()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
subroot()Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet
subspecies()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
taxon_id()Bio::EnsEMBL::Compara::NCBITaxon
unlink_all()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node
unlink_neighbor()Bio::EnsEMBL::Compara::Graph::Node